根据中国民用航空空中交通管理规定，空运包机操作确实需要特殊许可证。空运包机是指根据客户需求，提供独立航班服务的运输方式。由于其具有独特性和高度灵活性，需要特定的许可证件才能进行操作。
首先，空运包机操作需要拥有合法的货运代理经营资质。根据《中华人民共和国民用航空运输管理条例》第九条，从事民用航空运输代理业务的单位，必须取得航空运输代理业务经营许可证，方可开展相关业务。因此，从事空运包机操作的公司需要先取得航空运输代理业务经营许可证。
其次，进行空运包机操作需要获得适航证。根据《中华人民共和国民用航空法》第三十一条，从事航空运输活动的飞行器必须获得适航证。适航证是国家民航局依法进行的对飞行器适航性的认定，包括飞行器的设计、制造和维护保障等方面的要求。因此，进行空运包机操作的飞行器需要获得适航证的认定。
另外，空运包机操作还需要获得相关的运输许可证。根据《中华人民共和国民用航空运输管理条例》第十八条，从事民用航空运输业务的单位，在获得许可证之前，必须保证其机构设置、管理制度、运营机型、乘务组、安全保障等符合相关规定。因此，进行空运包机操作的公司需要获得相应的航空运输许可证。
综上所述，空运包机操作需要特殊许可证。具体许可证包括航空运输代理业务经营许可证、飞行器适航证和航空运输许可证。只有获得相应的许可证，才能合法进行空运包机操作。
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